L'origine des confréries de pénitents, associations de laïques pratiquant les exercices de piété et le secours mutuel, est très controversée; attribuée par certains à un dominicain italien du nom de Ranieri qui aurait mis l'accent sur la pratique de la flagellation, par d'autres à un chanoine de St Vital de Rome, elle est plus vraisemblablement le fait de saint Bonaventure, théologien italien (1221-1274), fondateur des Tiers Ordres, qui permettaient à des chrétiens vivant dans le siècle d'approcher de l'état religieux, sans y entrer à proprement parler. On peut assimiler les confréries de pénitents un tiers ordre, et ainsi donner saint Bonaventure pour leur fondateur. Cette thèse est appuyée par le fait que l'emblème de ce saint franciscain est un arbre surmonté d'un pélican s'ouvrant la poitrine pour nourrir ses petits, identique à celui d'un grand nombre de confréries, en particulier chez les pénitents blancs.
Le linteau de la chapelle des Pénitents Blancs de Nice
La tradition veut que la fondation de la confrérie de la Sainte Croix de Nice remonte au XIVe siècle, se fondant sur les écrits de l'historien niçois Pierre Gioffredo au XVIIe siècle qui indique, dans son ouvrage "Nicaea Civitas sacris monumentis illustrata", que la confrérie a été fondée le 20 mars 1306, dans l'église des Dominicains. Cette date du 20 mars 1306, souvent revendiquée d’Eze à Martigues par de nombreuses confréries, est en fait celle de la création des Pénitents Blancs de Saint Antoine-Abbé chez les Dominicains de Gênes ; ses statuts serviront de modèles aux confréries provençales plus tardives. Les prédications de saint Vincent-Ferrier et de saint Bernardin favorisent leur développement qui reste essentiellement urbain dans la première moitié du XVe siècle puis se généralise au cours du XVIe et au début du XVIIe. Ainsi, à l’exception des plus réduites, toutes les communautés du comté de Nice auront au moins une confrérie.
Le premier nom que semble avoir porté la confrérie de Nice est Sancta Crucis, un nom qui a donné à ces pénitents leur emblème, une petite croix peinte, brodée ou cousue sur leur cape. Inscrite dans un cercle, elle apparaît pour la première fois dans un groupe sculpté datant du XVIIe siècle représentant les saints Pierre et Paul entourant une Vierge de Miséricorde protégeant de son manteau la confrérie que lui présente saint Bonaventure, sous un médaillon portant la Croix inscrite et le nom Societas Gonfalonis.
En effet, le nom de l'archiconfrérie a varié avec les époques. De "Sancta Crucis", il devient "Compania dei Disciplinanti" du XVe siècle au XVIIe siècle, puis "Societas Gonfalonis", ou "Compagnie de la Vénérable Archiconfrérie du Gonfalon sous le titre de la Sainte Croix" aux XVIIe et XVIIIe siècles. Au XIXe siècle on parlera d'"Archiconfrérie du Gonfalon sous le Titre de la Sainte Croix", un nom qu'elle gardera jusqu'à la révision des statuts en 1903, et depuis lors elle s'intitule "Société du Gonfalon, dite Archiconfrérie de la Sainte Croix". Le rôle de l'Archiconfrérie des Pénitents Blancs fut et demeure très important à Nice où, outre son rôle durant les cérémonies religieuses, notamment pendant la Semaine Sainte, elle a géré, depuis 1594, l'hôpital de la ville. En 1632, la confrérie fonde l'hôpital Sainte Croix, qui va perdurer jusqu'en 1973, date à laquelle elle en cède l'administration au Centre Hospitalier Régional de Nice. Elle possède sa propre chapelle, placée sous le vocable de la Sainte Croix, dans le Vieux Nice.